سازمان پزشکان بدون‌مرز بعد از تصمیم تهران به اخراج اعضای این نهاد غیردولتی که برای راه‌اندازی بیمارستان صحرایی مراقبت‌های ویژه وارد ایران شده بودند، در بیانیه‌ای اعلام کرد که متوجه دلیل تصمیم جمهوری اسلامی نمی‌شود.
در بیانیه روز سه‌شنبه ششم فروردین ماه سازمان پزشکان بدون‌مرز آمده است که مخالفت حکومت ایران با حضورشان زمانی اعلام شده که تجهیزات بیمارستان ۵۰ تختخوابی و همچنین ۹ نیروی متخصص این سازمان به ایران رسیدند.
در بیانیه سازمان پزشکان بدون‌مرز آمده که نیاز برای برپایی بیمارستان و مجوزهای لازم در طول هفته گذشته مورد موافقت مقام‌های ایران قرار گرفته بود و تیم پزشکان بدون‌مرز آماده بود فعالیت‌های خود را در ایران از انتهای هفته جاری شروع کند.
مدیران سازمان پزشکان بدون مرز روز دوشنبه پنجم فروردین ماه به ایران‌اینترنشنال گفته بودند که این سازمان فعالیت گروهش در اصفهان را فعلا متوقف کرده است. این سازمان گفته بود که هنوز هیچ دستورالعمل و یا اخطاری از سوی مقام‌های ایرانی برای توقف عملیاتش در اصفهان دریافت نکرده و در انتظار دیدار و گفت‌وگو با مسئولین مربوطه است.
علیرضا وهاب‌زاده، مشاور وزیر بهداشت، روز دوشنبه از مخالفت با استقرار تیم اعزامی پزشکان بدون‌مرز در ایران خبر داده و اعلام کرده بود که « فعلا نيازى به برپايى تخت بيمارستانى توسط نيروهاى خارجى نيست و این حضور منتفی است.»
با این حال کیانوش جهان‌پور، سخنگوی وزارت بهداشت ایران نیز عصر روز سه‌شنبه پنجم فروردین ماه به صراحت برپایی بیمارستان صحرایی مراقبت‌های ویژه از سوی سازمان پزشکان بدون مرز را رد کرد.
جهان‌پور در صفحه توییتر خود نوشت که کمک‌های ارسالی از سوی هر نهاد دولتی و غیردولتی خارجی، به‌جز دولت آمریکا و اسرائیل، برای جمهوری اسلامی فارغ از ارزش مادی آن قابل تقدیر است اما «فهرست موارد نیاز پیش ازین اعلام شده و قاعدتا مواردی که منطبق بر نیازهای فعلی نباشد از جمله برقراری بیمارستان کوچک صحرایی، عملیاتی و اجرایی نخواهد شد.»
پیش از اعزام تیم و تجهیزات سازمان پزشکان بدون مرز به ایران، بهرام قاسمی، سفیر جمهوری اسلامی در فرانسه از این اقدام استقبال کرده و گفته بود که «در شرایط کنونی جهان ملتهب و مضطرب از ویروس کرونا، تقویت همبستگی جهانی الزامی است.»
قاسمی گفته بود که تیم پزشکان و متخصصان سازمان پزشکان بدون مرز همراه با دو محموله برای ساخت بیمارستان صحرایی با دو پرواز چارتر به ایران اعزام شده اند.
پس از آن آرش نجیمی، سخنگوی دانشگاه علوم پزشکی استان اصفهان، نیز روز دوشنبه چهارم اسفند ماه از ساخت بیمارستان صحرایی از سوی سازمان پزشکان بدون‌مرز در شهر اصفهان خبر داد و گفت: «سازمان پزشکان بدون مرز در حال راه اندازی بیمارستان صحرایی ۴۸ تخته در محوطه بیمارستان امین است.»
شماری از چهره‌های حکومتی از جمله حسین شریعتمداری نماینده خامنه‌ای در کیهان و حسینعلی حاجی دلیگانی نماینده شاهین‌شهر، میمه و برخوار در مجلس، از روز دوشنبه با حضور تیم اعزامی پزشکان بدون‌مرز در ایران مخالفت کرده، آن را «بی احتیاطی خطرناک» توصیف کرده و خواهان اخراج پزشکان بدون‌مرز از ایران شدند.
پس از این بود که مقام‌های وزارت بهداشت نیز با راه‌اندازی بیمارستان صحرایی مراقبت‌های ویژه از سوی پزشکان بدون مرز مخالفت کرده و از فعالیت آنها جلوگیری کردند.
