حافظ نسخ خطی

او به دبستان اتحادیه ملی ایرانیان بحرین که پدرش از پایه‌گذاران آن بود، رفت و به فارسی و عربی درس خواند.

در انجمن‌های ادبی بحرین عضو بود و در اداره مدرسه ایرانیان بحرین شرکت فعال داشت و از گردانندگان پرکار "اتحاد ملی ایرانیان" در بحرین بود. این نهاد که به کمک ایرانیان میهن‌دوست گشوده شده بود برای ویژه آموزش کودکان ایرانی و آشنا ساختن آنان با تاریخ ایران بود و تا هنگامی که بحرین بخشی از ایران به شمار می‌آمد، زیر نظر ایرانیان مقیم آنجا اداره می‌شد، ولی از سال ۱۳۵۰، یعنی از زمانی که استقلال بحرین اعلام شد "مدرسه اتحاد ملی" زیر نظر سفارت ایران رفت.

از آن رو که دیگر بحرین کشور مستقلی شده بود "اتحاد ملی" دیگر معنایی نداشت و عنوان مدرسه و کاربری آن تغییر کرد و ویژه کارمندان سفارت ایران شد.

۳۶ ساله بود که به ایران مهاجرت کرد و در تهران به تجارت پرداخت و در کنار آن به پژوهش و تلاشهای فرهنگی‌اش ادامه داد.

کتابخانه ارزشمندی داشت. با سرمایه خود نسخ خطی را فراهم می‌آورد و با این کار بسیاری از آنها را از فراموشی و نابودی نجات داد که هنوز کامل فهرست‌نویسی نشده‌اند.

او با دانشمندان همزمانش مانند احمد کسروی، نامه‌نگاری و هم‌نشینی داشت.

از ماندگارترین آثارش جز نوشته‌هایی درباره نامآوران بحرین و خُنج فارس، شرح مفصلی است که بر احوال فضل الله روزبهان خنجی نوشته که ایرانشناس بنام روس مینورسکی در ترجمه انگلیسی "عالم آرای امینی" از آن بهره بسیار برده است.

افزون بر این تصحیحی به فارسی از "رساله قطب الدین راوندی" دارد که پرسش و پاسخی فقهی به مسائل زمان است و در جلد سوم "فرهنگ ایران‌زمین" توسط ایرج افشار منتشر شده است.

محمد خنجی یادداشتهایی نیز درباره تاریخ احزاب سیاسی ایران نوشته که اهمیت آن دیدگاه ویژه او از بیرون از مرکز سیاسی و از بحرین در زمان جنگ جهانی دوم بر این حزب‌ها است.

از آنجا که او به خاطر حرفه بازرگانی‌اش نقشه راه‌های بسیاری را فراهم آورده و سفرهای فراوانی که به دور افتاده‌ترین نقاط ایران انجام داده، گزارشی هم از شهرها و روستاهای ایران نوشته که به کمک آن خواننده می‌تواند به آگاهی‌های جالبی درباره تاریخ آن زمان و نوسازی‌های دوره رضاشاه دست یابد.

محمد امین خنجی در ۶۲ سالگی در مشهد درگذشت.