یاسر جبرائیلی، از جوانان تندروی اصولگرا و نزدیک به بیت رهبر جمهوری اسلامی، در کتابی با عنوان «روایت رهبری: مناسبات جمهوریت و اسلامیت»، برای اولین بار خاطراتی از علی خامنه‌ای از دهه ۶۰ را نقل کرده است. بر اساس این خاطرات، او با فتوای روح‌الله خمینی در مورد اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ موافق بوده است.
در این کتاب، از قول خامنه‌ای درباره فرمان قتل‌عام زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ چنین نقل شده است:
«امام [خمینی] آدم بسیار با ورعی بود. آدمی که به‌خاطر یک مسأله، اهمیت به حدود ندهد و سهل انگاری کند اصلا نبود …. ایشان با محاسبه عمل و فکر کرده بود. ما این را یقین داشتیم. الان هم مطمئنم که امام با یک محاسبه درستی تدبیر کرده بود.»
عبدالکریم لاهیجی، حقوق‌دان، فعال برجسته حقوق بشر و رئیس دائمی و افتخاری فدراسیون جهانی جامعه‌های حقوق بشر اما دفاع علی خامنه‌ای از تصمیم‌گیری درباره کشتار زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ را نشان‌دهنده این می‌داند که نهاد «ولایت فقیه» در نظام جمهوری اسلامی چه در زمان خمینی و چه اکنون، مقید به موازین حقوق بشری نبوده و نیست.
عبدالکریم لاهیجی
لاهیجی در ادامه با اشاره به نقش داشتن خامنه‌ای در تصمیم‌گیری برای اعدام هزاران نفر از زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ به زمانه می‌گوید:
«با توجه به اینکه خمینی در سال ۱۳۶۷ ماه‌های آخر عمرش را می‌گذراند، تصمیمات این‌چنینی توسط یک هیأت سه نفره متشکل از عبدالکریم موسوی اردبیلی، رئیس شورای عالی قضایی، اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجلس و علی خامنه‌ای، به عنوان رئیس جمهوری گرفته شده است. بنابراین آنها نمی‌توانند از آن جنایات بزرگ و جنایت ضد بشری آگاه نباشند.»
خامنه‌ای در کتاب روایت رهبری اما به صراحت تأکید کرده که حتی هواداران گروه‌ها و سازمان‌های مخالف نظام که در فعالیت مسلحانه شرکت نداشته و در زندان در حال گذراندن دوران حبس خود بوده‌اند نیز به‌عنوان «محارب» شناخته شده و از لحاظ فقهی و همچنین از لحاظ تشخیص بنیانگذار جمهوری اسلامی، مستحق مجازات اعدام بوده‌اند.
عبدالکریم لاهیجی در واکنش به این گفته‌های خامنه‌ای می‌گوید که جمهوری اسلامی یک نظام قانون‌مند نیست و هیچ قانونی وجود ندارد که اختیارات ولی فقیه را در ایران محدود کند:
«همواره فراتر از اختیاراتی که در اصل ۱۱۰ قانون اساسی برای ولی فقیه تعیین شده، خمینی و خامنه‌ای، برای خود یک اختیارات فراقانونی قائل بوده و هستند. اختیاراتی که همیشه تحت عنوان “حکم حکومتی” توجیه شده است.»
لاهیجی در ادامه با اشاره به آنچه در روزهای اول پس از پیروزی انقلاب سال ۵۷ در ایران گذشت، به زمانه می‌گوید:
«اولین کاری که خمینی در فردای انقلاب کرد این بود که یک آخوندی به اسم [صادق] خلخالی را به عنوان حاکم شرع تعیین کرد و او هم بر اساس استنباط خودش یعنی موازین شرعی، احکام اعدام صادر می‌کرد. بنابراین ما در برابر چنین نظام خودسری قرار گرفتیم که اختیارات ولی فقیه در آن به هیچ چیز محدود نیست و قانونی نیز وجود ندارد تا از این اعمال خودسرانه جلوگیری کند.»
علی خامنه‌ای اما در آذر ماه ۶۷ و زمانی که در سمت ریاست جمهوری بود هم در روزنامه رسالت با موضع‌گیری درباره اعدام زندانیان سیاسی نوشت کسانی که اعدام شدند «مستحق» اعدام بودند.
او همچنین در اظهارنظری دیگری در خرداد ماه ۱۳۹۶ اعلام کرد:
«من توصیه می‌کنم به کسانی که اهل فکرند، اهل تأملند و راجع به دهه ۶۰ قضاوت می‌کنند، جای شهید و جلاد عوض نشود.»
پیش از این اما سایت حسینعلی منتظری، از مراجع تقلید شیعه که در سال ۱۳۸۸ درگذشت، فایل صوتی اظهارات این مرجع تقلید در مرداد ماه سال ۱۳۶۷ را منتشر کرد که در آن، منتظری در دیدار با اعضای «هیأت مرگ»، اعدام‌های سال ۱۳۶۷ را «جنایت» توصیف می‌کند و به حاضران هشدار می‌دهد که:
«بزرگ‌ترین جنایتی که در جمهوری اسلامی شده و تاریخ ما را محکوم می‌کند به دست شما انجام شده و [نام] شما را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می‌نویسند.»
پس از انتشار این فایل، مجلس خبرگان رهبری در شهریور ماه ۱۳۹۵ با دفاع از اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی و عقیدتی در سال ۱۳۶۷ از آنچه «تصمیم تاریخی و انقلابی حضرت امام خمینی در برخورد جدی و بدون مسامحه با منافقین و محاکمه عادلانه سران و برخی اعضای گروهک منافقین» خواند، تمجید و در بیانیه‌ای اذعان کرد که بنیانگذار جمهوری اسلامی با آن «تصمیم به موقع»، فرمان اعدام دسته جمعی هزاران نفر از اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق را صادر کرده است.
در دهه ۶۰ اما به غیر از اعضای این سازمان، صدها زندانی سیاسی دیگر از گروه‌ها و سازمان‌های دیگر (عمدتا چپ) نیز اعدام شدند.
سوال اینجاست که چرا مقامات جمهوری اسلامی همواره در تلاشند تا بدون اشاره به اجرای مجازات اعدام درباره بقیه گروه‌ها و سازمان‌های سیاسی در دهه ۶۰، کشتار این زندانیان را صرفا محدود به زندانیان سازمان مجاهدین خلق نشان دهند.
عبدالکریم لاهیجی در پاسخ به این سوال می‌گوید:
«از آنجا که سازمان مجاهدین خلق در سال ۱۳۶۷ عملیات نظامی علیه جمهوری اسلامی انجام داد، مسئولان جمهوری اسلامی همواره برای اینکه خود را در موضع “دفاع مشروع” بگذارند می‌گویند که همه کشتارها مربوط به روزهای پس از حمله نظامی مجاهدین است. در صورتی که اعدام زندانیان سیاسی از سال‌های پیش از حمله مجاهدین شروع شده بود.»
این حقوق‌دان در ادامه می‌گوید:
«حتی اگر فرض را هم بر این بگذاریم که این اعدام‌ها بعدا شروع شده، مسأله کشتار بزرگ زندانیان غیر‌مجاهد چه بوده است؟ گذشته از این، افرادی که اعدام شدند نه تنها در حمله مسلحانه شرکت نداشتند بلکه سال‌ها پیش از حمله مجاهدین بازداشت شده و در حال سپری کردن محکومیت حبس خود بودند. باید پرسید چرا آنها را محارب اعلام کردند؟»
به گفته لاهیجی، زندانیانی که اعدام شدند، حتی در چارچوب قوانین مصوب جمهوری اسلامی هم نمی‌توانستند به «محاربه» متهم شوند. همچنین مسئولیت حمله نظامی مجاهدین خلق قابل تسری دادن به آنها نبود.
عبدالکریم لاهیجی اما تصمیم کشتار زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ را صرفا محدود به خمینی نمی‌داند و با اشاره به نقش اطرافیان او در این تصمیم‌گیری، تأکید می‌کند که جناح‌های تندرو نظام و کسانی که زندان اوین در اختیارشان بود از همان روزهای اول به خمینی فشار می‌آوردند که تعدادی از زندانیان را اعدام کند:
«افرادی همچون اسدالله لاجوردی و محمد کچوئی از روز اول به خمینی می‌گفتند کنترل کردن زندان‌ها برایشان سخت است و به‌خصوص که بعضی مواقع زندانیان برای مسائل رفاهی و وضعیت سختی که داشتند، اعتراض می‌کردند و زندان‌ها پر تشنج شده بود.»
لاهیجی در ادامه می‌گوید:
«آنها می‌گفتند نمی‌توانیم این تعداد زندانی را نگه داریم و برنامه اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی را پیش از حمله نظامی مجاهدین سازماندهی کرده بودند و بالاخره توانستند این مسأله را به تأیید خمینی برسانند.
به گفته این حقوق‌دان، از گفته‌های منتظری هم کم و بیش چنین برمی‌آید که از قرار معلوم کسی که نقش قطعی در این حکم داشته، احمد خمینی بوده که در آن زمان نزدیک‌ترین فرد به پدرش بود:
«احمد با توجه به وضعیت جسمی و روانی خمینی، بر او مسلط بوده و توانسته امضای این فرمان را از خمینی بگیرد.»
