محمد باقر قالیباف در واکنش به ترور شهید محسن فخری زاده گفت: دشمن پشیمان نمی شود مگر با واکنشی قوی که هم در مقابل خطاهای احتمالی آینده دشمن بازدارندگی ایجاد کند و هم بابت این جنایات از آنها انتقام بگیرد.
علی ربیعی سخنگو و از چهره‌های امنیتی دولت روحانی نیز با انتشار یادداشتی در روزنامه ایران تاکید کرد: نباید نهادهای اطلاعاتی و امنیتی تضعیف شوند.
او افزود: حکومت ایران چنان که در موارد پیشین نشان داد، تاریخ و جغرافیای پاسخ و واکنش را به خوبی محاسبه می‌کند و آنگاه پاسخ می‌دهد.
محمدجواد ظریف نیز در پیامی توییتری به زبان چینی درباره ترور محسن فخری زاده نوشت: تروریست ها یک دانشمند برجسته ایرانی دیگر را ترور کردند. یک ترور بزدلانه که چالشی آشکار برای قوانین و مقررات بین المللی بوده و اصول حقوق بشری و اخلاقی را نقض می کند. جامعه جهانی مسئول جلوگیری از چنین اقداماتی است.
ظریف افزود: ایران همواره برای حفظ صلح و ثبات منطقه و جهان در خط مقدم مبارزه با تروریسم بوده است. از جامعه جهانی می خواهیم تروریسم دولتی را محکوم کرده همچنین با ماجراجویی ای که تنش های منطقه ای را تشدید می کند، مقابله کند.
علی اکبر صالحی رئیس سازمان انرژی اتمی نیز در این باره گفت: همکاری های خوبی را در عرصه های مختلف به خصوص در امر پدافند هسته ای با همدیگر داشتیم.
او افزود: فخری زاده به اعتبار مسئولیتی که داشتند نمی توانستند خیلی کار های علمی خود را منتشر کنند و تا یکی دو سال پیش هم عکس ایشان در جایی منتشر نشده بود. به همین اعتبار هم کار های علمی که انجام می داد، به صورت گزارش های تکنیکی در خود سازمانشان بود.
رئیس سازمان انرژی اتمی گفت: فخری زاده در زمینه پدافند هسته ای فعالیت های گسترده ای داشت.
حسن روحانی نیز گفته است: «آنها در فکر ایجاد یک آشوب و بلوا هستند. بدانند ما دست آنها را از پیش خواندیم و آنها موفق نخواهند شد به اهداف خبیثانه خودشان دست پیدا کنند».
همچنین علی خامنه ای نیز در این باره گفته است که آمران و عاملان این ترور باید محکمه شود.وی نامی از این عاملان در سخنان خود نبرد
واکنش تندروهای حکومت درباره پاسخ به ترور فخری زاده
روزنامه کیهان سخنگوی علی خامنه ای نوشته است: ” چشم در برابر چشم صهیونیست ها منتظر باشند”!
پاسدار اسماعیل کوثری نماینده پیشین مجلس، نیز تهدید کرد: انتقام خون “فخری‌زاده” باید در حد شأن آن شهید بزرگوار باشد
او افزود: «مقابله به مثل کردن و گرفتن حق فخری‌زاده از عاملان جنایت ترور باعث شادی روح او می‌شود».
پاسدار کوثری گفت: دست اندر کاران و مسئولان نظام قطعاً باید بر اساس خواسته مردم تصمیمی در این زمینه بگیرند و در عمل به فرمان رهبری ، به جد پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن را در دستور کار خود قرار دهند و آنها را به حد نهایی تنبیه کنند.
علی جنتی وزیر پیشین ارشاد حکومت نیز در توئیتی نوشت: از دست‌دادن فخری‌زاده، خسارتی جبران ناپذیر برای جامعه علمی کشور بود.
حسن دهقان وزیر دفاع پیشین و مشاور کنونی علی خامنه‌ای رهبر نظام تأکید کرد که ترور فخری‌زاده نشان می‌دهد که رخنه امنیتی در اشراف اطلاعاتی کشور وجود دارد که باید شناسایی شود.
حسین علایی از فرماندهان پیشین سپاه پاسداران نیز تاکید کرد که شیوه ترور فخری‌زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری در وزارت دفاع نشان می‌دهد که ساختار عملیاتی اسرائیل در ایران فوق‌العاده پیشرفته و متکی بر اطلاعات دقیق است.
